یکی دیگر از مراحل برنامه ریزی درسی اجرای برنامه های درسی است. حساسیت و اهمیت مرحله اجرا در برنامه ریزی درسی از آن رو است که کلیه طرح ها و برنامه ها در صورتی موفق به ایجاد تغییرات مطلوب می شوند که در مرحله اجرایی با موفقیت پیاده شوند. حقیقت امر آن است که از یکسو بهترین برنامه های درسی که از لحاظ منطقی بخوبی طراحی و تدوین شده اند به علت اجرای ناقص یا نادرست ممکن است در دستیابی به اهداف مورد نظر با شکست مواجه شوند به این دلیل تجربیات آموزشی بسیاری از کشورها حاکی از آن است که برنامه های بخوبی تعریف شده به علت نارسایی ها و مشکلات اجرایی یا به مرحله عمل در نیامده اند و یا در صورت اجرا قرین موفقیت نبوده اند. از سوی دیگر می توان برنامه ها و طرح هایی را سراغ گرفت که علیرغم نقائض موجود در مرحله طراحی، به علت اجرای درست و صحیح، نتایج مثبتی را بهمراه داشته اند.